Фердынанд рана страціў бацьку і выхоўваўся ў дзядзькі, баварскага герцага Вільгельма. З 1590 года ён навучаўся ў Інгальштацкім універсітэце, дзе выкладалі езуіты. Тут будучы імператар засвоіў самыя строгія правілы веры і самыя ўзнёслыя паняцці пра яго будучае прызначэнне. З ранніх гадоў і да самай смерці Фердынанд лічыў сябе воінам каталіцкай царквы, прызначаным ад Бога аднавіць яе старажытнае вучэнне. У 1595 годзе ён вярнуўся ў Грац, у наступным годзе быў абвешчаны паўналетнім і ўступіў у валоданне сваім Сярэднеаўстрыйскім герцагствам (у склад якога ўваходзілі Штырыя, Карынтыя і Крайна).
Па характары Фердынанд быў прыемны свецкі чалавек: добры да набліжаных і міласцівы да слуг, ён лёгка сыходзіўся з людзьмі, быў шчодры, горача любіў музыку і захапляўся паляваннем. Разам з тым гэта быў дзейным і дзелавым кіраўніком, які ніколі не грэбаваў сваімі абавязкамі. Але галоўнай рысай яго натуры была фанатычная прыхільнасць да каталіцтва, якому ён гатовы быў служыць і словам і мячом. Езуіты мелі на яго велізарны ўплыў. Двое з іх заўсёды знаходзіліся ў яго пярэднім пакоі і мелі права ўваходзіць да яго ва ўсякі час, нават уначы, для савета і навучання.
Ледзь прыняўшы ўладу, малады герцаг стаў няўмольна пераследваць пратэстантаў. Усім, хто не жадаў змяняць веравызнанне, Фердынанд прадпісаў пакінуць краіну. Падобна свайму дзядзьку Філіпу II, Фердынанд любіў паўтараць словы: «Лепш пустэча, чым краіна, населеная ератыкамі». Праз некалькі гадоў у аўстрыйскіх уладаннях, дзе раней палова насельніцтва складалася з лютэран і кальвіністаў, не засталося ніводнай пратэстанцкай царквы.
З прычыны таго, што старэйшыя стрыечныя браты Фердынанда, Рудольф II і Мацвей, не мелі сыноў, яго з пачатку XVII стагоддзя сталі разглядаць як іх патэнцыйнага спадчынніка. З кожным годам ён меў усё больш уплыў на імперскія справы. У 1617 годзе Фердынанд быў абраны каралём Чэхіі, а ў наступным годзе ўзыйшоў на венгерскі прастол. Услед за гэтым пачаліся складаныя перамовы з імперскімі князямі аб выбранні Фердынанда імператарам. У гэты момант, у маі 1618 годзе, успыхнула нацыянальнае паўстанне ў Празе, якое паслужыла пралогам да разбуральнай Трыццацігадовай вайны. Даведаўшыся пра пражскія падзеі, Фердынанд стаў дзейнічаць рашуча і цвёрда. Ён загадаў арыштаваць галоўнага саветніка імператара Мацвея кардынала Клезеля, які прапанаваў пайсці на саступкі чэхам. Пасля гэтага стары і слабы Мацвей ужо ні ў чым не замінаў Фердынанду і паслухмяна падпісваў усе яго ўказы.
Тым часам, паўстанне ў Чэхіі было падтрымана пратэстантамі ў самай Аўстрыі. Чэхі пад правадырствам графа Турна рушылі на Вену і ў чэрвені 1619 гады авалодалі яе прадмесцямі. У той жа час аўстрыйскія мяцежнікі захапілі імператарскі палац і запатрабавалі ў Фердынанда абвясціць рэлігійную свабоду. Адзін з адважных правадыроў апазіцыі Танрадэль ухапіўся нават за гузік імператарскай курткі і некалькі разоў пхнуў Фердынанда. У горад як раз уступіў кавалерыйскі атрад, і мяцежнікі былі напалоханы гучным гукам труб.
У жніўні 1619 года, пасля смерці Мацвея, Фердынанд быў абраны імператарам. Ён узыйшоў на прастол пры самых цяжкіх акалічнасцях. Распачатая Трыццацігадовая вайна, якая ішла з пераменным поспехам, так і не скончылася пры яго жыцці. Ён памёр праз два гады пасля Пражскага міру, перадаўшы імперыю свайму сыну Фердынанду III.